Распределение доходов от НДФЛ между регионом и муниципалитетами является источником конфликтов во многих регионах уже более десяти лет. У конфликта есть сразу несколько аспектов. 

Первый — чисто экономический. Регион выступает распределяющим центром между муниципалитетами-донорами и дотационными городами и районами. Он имеет право изъять часть доходов от тех или иных налогов в свою пользу. Хотя часть НДФЛ изымается у всех, выигрывают от этого дотационные муниципалитеты — теряют они мало, а через распределительную систему получают значительно больше. Доноры, наоборот, теряют значительно больше, чем получают через систему распределения. Здесь сталкиваются две экономические логики: логика выравнивания и логика развития. 

Логика выравнивания требует поддерживать всех, перераспределяя доходы от богатых к бедным. Она обеспечивает заложенный в бюджете принцип равенства доступа жителей к бюджетным услугам. Но она же демотивирует доноров и сдерживает их развитие.

Учитывая, что в городах и районах-донорах обычно живет значительная, если не большая часть жителей субъекта Федерации, страдают от такого решения массы людей.

Логика развития требует оставлять доходы там, где они генерируются — в городах и районах-донорах. Но тогда региональные власти вынуждены принимать тяжелые и непопулярные решения относительно сокращения бюджетных затрат в дотационных городах и районах: сокращать количество школ и детских садов, загрузку которых не удается обеспечить (в случае, если укомплектованная полным штатом учителей и административного персонала школа обслуживает 50-100 учеников), иногда закрывать и переселять целые поселки, содержание которых слишком дорого обходится (особенно в части ЖКХ).

Мы знаем очень мало примеров, когда руководители российских регионов шли по этому пути. И еще меньше, когда этот шаг не становился поводом для жесточайшей критики со стороны оппонентов главы региона.

То, что руководство Новосибирской области изымает 10% НДФЛ у муниципалитетов, означает, что в экономической политике руководство области переносит акцент с развития на уравнительное перераспределение.

Существует и другой аспект конфликта — политический. Фактически изъятие 10% НДФЛ бьет по крупнейшему городу региона, Новосибирску. Возглавляет его представитель КПРФ Анатолий Локоть. Потеря 3,5 млрд поступлений в долгосрочной перспективе сильно ударит по политическим позициям мэра города.

В то же время для губернатора Городецкого возможность перераспределить средства в пользу более лояльных дотационных районов — неплохой способ укрепить свои позиции в будущем, так как наиболее дисциплинированные избиратели как раз проживают в небольших населенных пунктах.